Les archives de la SHAARL sont conservées dans les combles du local de l'association. Elles sont constituées de divers documents : collections de journaux franc-comtois, documents divers concernant la Haute Saône, documents administratifs, archives de l'association, documents privés, etc.

Notons la présence des archives de l'avoué Mougenot (fin XIXe siècle) et d'un herbier provenant de la mairie de Port sur Saône.